El problema que muestras con clipcircle suele ocurrir cuando los polígonos tienen geometría no manejable o normales invertidas. Para solucionarlo en software actual como Blender 3D, debes verificar y corregir la topología de tu malla.
Asegúrate de que la geometría esté limpia. Usa la herramienta Merge by Distance para fusionar vértices duplicados. Luego, verifica que todas las normales estén correctamente orientadas. En el modo de edición, activa la visualización de normales en las propiedades de la vista 3D. Si están invertidas, selecciona todas las caras y usa la opción Flip Normals.
Es importante que el objeto tenga una topología cerrada y sin caras superpuestas para que clipcircle funcione correctamente. Si el problema persiste, considera usar el modificador Boolean con el método Difference, que en versiones recientes de Blender es más estable. Configura el objeto cortante como un cilindro y ajusta la posición antes de aplicar el modificador.
Otra alternativa es utilizar la herramienta Knife Project. Crea un círculo en una vista ortográfica, proyecta el corte sobre tu malla y luego extruye las caras internas para lograr el efecto deseado. Este método te da más control manual sobre el resultado final.