Tema: Necesito con After effets

Mi problema es el siguiente. Tengo una animación creada en 3dsmax en avi y necesito cambiar el fondo usando la misma animación, pero con el canal alfa, ya que el cielo en la animación esta cutre y me gustaría cambiarlo por otro, sabríais aconsejarme que composición de capas debería usar y efectos y en que orden, ya que debido a que la animación original tiene el fondo integrado no me vale ningún luma key, ni tampoco modos de fusión disolver o multiplicar para la capa que contiene la animación en alfa.

Hasta ahora tengo solo esto, y en este orden.
1-capa con la animación en alfa (renderizada con Render Elements en 3dsMax y con fondo negro y obeteos de la escena en blanco.
2-capa con la animación completa con fondo y objetos a color en la misma animación.

Si me recomendáis orden de capas o si tendría que añadir alguna y los efectos que deberían llevar, os lo agradecería. Un saludo.

Gracias Moe, acabo de probarlo y funciona perfectamente, no me había imaginado tampoco que al desactivar la capa alfa no se vería su color negro en la animación, estoy iniciándome con After Effects y me surgen muchas dudas. Un saludo.