Los drivers de esta tarjeta deberían incluir el programa Nview para poder configurar los monitores para que uno sea principal y el otro como:
-Dual view(esto es una ampliación del escritorio en horizontal) para tener dos aplicaciones simultáneamente, una en cada monitor.
Horizontal spam (el ecritorio se alarga al otro y cualquier aplicación, por ejemplo, el max, ocuparía los dos monitores a la vez).
Clone view (seria ver lo mismo en los dos monitores).
Yo tengo una FX 5900 con dos monitores y depende de cual establezcas como principal será en ese en el que te de la aceleración 3d, de todas formas, el Nview te permite configurar el escritorio de ambos monitores de múltiples formas posibles.
Lo lógico para solucionar ese problema seria acceder a las propiedades de la pantalla y que elijas que monitor es el principal.
Si continua el problema desconecta el monitor que va a ser secundario reinicia y por defecto solo te recononocera uno, ese será el principal, una vez estés en el escritorio conectas el otro y lo configuras en las propiedades de pantalla como secundario.
Con eso debería bastar. Saludos y espero que te sirva.
No te digo ná, y te lo digo tó...