Un programa que te convierta imágenes 2D en 3D no, pero hay programas para modelar en 3D.
Y si lo quieres gratuito, el mejor de todos es
BLENDER.
https://www.blender.org/
Luego, si quieres hay también objetos ya creados, que puedes descargar desde páginas llamadas "repositorios" donde lo puedes descargar y luego arreglarlo un poco con Blender... y ya puedes mandarlos a impresión.
Repositorios - solimans jimdo page! (jimdofree.com)
También tienes la página Thingiverse, donde hay miles de objetos listos para imprimir en impresoras 3D.
https://www.thingiverse.com/