Actualizo el tema, ayer estuve todo el día liado con la impresora y prácticamente la desmonte por completo y la volví a montar. También he creado un perfil en PrusaSlicer simplemente por descartar y frustración.
Lo que concluí de todas las pruebas de ayer es que de los eje Z (lo tengo doble) el husillo original parece estar un poco doblado ya que al girar, mirando desde arriba no mantiene la linealidad. Y lo segundo es que desmonte el hotend para limpiarlo, y al quitar la boquilla esta estaba trasroscada por lo que ahora al poner la misma boquilla u otra no entra hasta el final y como consecuencia el 
filamento sale por los lados. Como solución a lo primero pues solo veo la opción de comprar el husillo nuevo, aunque no se cual seria el sitio más recomendado para esto, y para lo del hotend pues me planteo comprar un hotend completo que no sea muy caro o solo el bloque calefactor.
¿Qué me recomendáis o que hotend puedo usar en una Ender 3 Pro que no se vaya mucho precio?
Temporalmente hasta que decida que hago creo que le pondré teflón alrededor de la boquilla y probare haber si puedo imprimir así.