Buscando información acerca de cifrar un sistema he ido a parar a la definición que da la guardia civil de cifrado en un glosario de su web, fliparlo. http://www.guardiacivil.org/seguridad/glosario.jsp#c
Cifrado / encriptado: es una de las características que, algunos de los virus existentes, utilizan para que los antivirus no los encuentren. Con ello, el virus se cifra, codifica o encripta automáticamente cuando realizar una infección. En cada infección realizara este cifrado de forma diferente, de tal forma que en cada ocasión sus cadenas o códigos son diferentes. El problema que el antivirus encuentra es que no siempre tiene que buscar los mismos códigos o cadenas de caracteres pues el virus en cada infección los hará diferentes.