Eso es lo normal, porque cuando escalas, escalas todo el objeto (el bevel también), si lo que quieres es que ese bevel (o bisel) no se modifique, creo que deberías utilizar shape keys.
Si, por ejemplo, es un cubo que se humilde en barra, se selecciona el cubo y en shape keys se presiona dos veces en la cruz de la derecha, y en el segundo shape creado (el llamado normalmente key 1), te pones en Edit Mode (edición de vértices, seleccione los vértices que quieres mover y cuando ya tienes la posición que quieres, lo pones en object mode, entonces veras que se ha vuelto a convertir en cubo (o sea, la posición inicial) pero si mueves la barra de value: entonces veras que se va estirando hasta la posición que creaste, creo que eso es lo mejor para así controlar los vértices.
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