Dudas en After Effects animación de un cortometraje animado 2d

Saludos, pues resulta que estoy tramando hacer un cortometraje animado sobre una leyenda huichol en After Effects cs5, y he empezado con el storyboard, he usado una leyenda la cual se le aquí el problema o duda es la siguiente: creo que es mejor hacer escena por escena por separado en archivos independientes, pero, como hago después para importarlos todos al final? Es ahí donde me hago bolas, tengo ya los personajes, los backgrounds y el audio, estoy que me salgo por empezar a animar, he hecho unas pruebas de animación, (usuario ubre1 en youtube) pero mi gran duda es como organizar los archivos o el archivo final. Espero a ver sido claro, agradezco de antemano su tiempo por leerme.

Alejandro.

Primero puedes realizar escena por escena en After, con todos los sonidos, y después importar todas las composiciones y acomodarlas en la línea de tiempo, y si no renderizar todas las escenas por separado, y luego unirlas con movie Maker, o algún programa parecido.