Yo lo enfocaria de esta manera, el desplazamiento horizontal es el eje X y el salto es el eje Y. El desplazamiento en profundidad es el eje Z.
(Siendo X,Y,Z los ejes de coordenadas y x e y las coordenadas de la pantalla).
No hay ningún problema en tener una representación 2d y un sistema de coordenadas 3d. El valor en la componente x mueve el sprite en el eje x, y las componentes y e z mueven el sprite en el eje Y.
De todas formas, creo que no he sido demasiado claro. A ver, lo tienes que enfocar como una especie de perspectiva caballera. Un ejemplo:
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Adjunto #135842
De izquierda a derecha:
-El primer sprite esta 1 unidad desplazado en el eje X (derecha), esta a ras de suelo (0 en el eje y) y esta desplazado 4 unidades en profundidad hacia duera de la pantalla.
El segundo esta 4 unidades desplazado en el eje x, esta a ras de suelo y esta desplazado 1 unidad en profundidad. Como ves, respecto al sprite anterior esto indica que está más arriba (más desplazado en el eje y) en la pantalla.
El tercero (rosado) esta 7 unidades desplazado en el eje x,
esta 1 unidad sobre el suelo (eje y) y esta desplazado 3 unidades en profundidad. La línea que hay debajo es donde estaría la sprite si estuviara a ras de suelo.
Como a afectado a la tercera sprite estar sobre el suelo? Simplemente más desplazado en el eje y de la pantalla, o sea, más arriba, al igual que con la profundidad.
Conclusión:
-La coordenada x espacial se corresponde con la x en pantalla.
La coordenada y (altura) espacial se corresponde con la y en pantalla.
La coordenada z (profundidad) espacial se corresponde con la y en pantalla,
pero con un factor de reducción (por decirlo de alguna manera). Esto es: una unidad en profundidad se corresponde a una fracción en el eje y de pantalla, por ejemplo, un 50%.
De manera un poco más formal:
N = número de píxels por unidad.
F = factor de reducción (0.5, por ejemplo).
X = n*x.
Y = n*y+n*f*(-z).
El símbolo negativo de la z es porque el eje Z positivo representa profundidad hacia fuera de la pantalla, siguiendo el esquema. Si haces que el eje Z positivo sea hacia dentro, no hace falta ese símbolo negativo.
Con todo esto, para que tú personaje saltase solo tendrías aumentar la posición en el eje y (y decrementarla para que cayese).
Espero no haberte mareado más, esto es como yo lo plantearía y si tienes algún problema no dudes en preguntar.
Edito: te lo muevo a la sección videojuegos, es un sitio más apropiado.