Cómo hacer booleanas formar un solo objeto de varios

Hola buenas tengo un problema que no consigo resolver, la cuestión es que tengo tres figuras que tengo que unir para prototiparla como una sola y de la manera que lo hago no lo consigo, meto las tres subtool en una sola, luego con el decimation máster le bajo los polígonos y aparentemente parece que forma una sola figura, entonces utilizo el 3d printing exporter y hago un stl binary, luego cuando voy a otro programa como Rhinoceros al abrirlo están otra vez separadas, podría hacer las booleanas en Rhinoceros, pero debido a lo complicado de la figura se acaba estropeando, en fin, si alguien puede echarme un cable se lo agradezco.

Dinos más cosas. Que programa utilizas, unos screenshot para saber de que hablamos etc. Yo he trabajado un poco con volúmenes cerrados para pruebas cfd, utilizo el Rhinoceros, el 3dsMax y el viscam Mesh para reparar las mallas poligonales (y formen volúmenes cerrados, indispensable para la impresión 3d).