Te doy una respuesta, aunque con la poca información que has dado, a lo mejor no es la solución a tu problema. Mira, para poder fundir vértices de dos objetos, o elementos de subobjetos de un objeto, lo que debes hacer, es entender que al hacerlo, se eliminan las caras que hubiese contenidas entre los vértices en cada objeto. Entonces, lo que debes hacer es eliminar esas caras tú mismo antes de realizar la fusión, ya que si no, no podrás.
Mira: entre dos cajas, nunca podrás fundir estos vértices:
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Adjunto #159126
Salvo que elimines las caras correspondientes, de la siguiente forma:
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Adjunto #159127
Espero que te haya resultado de ayuda, y que hayas entendido lo que te he querido decir, porque menuda explicación más mala.
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