Cuando me dices asociar todas las esferas a un objeto te refieres a agrupar?
Primero de nada, a mí también me resuelven muchas dudas y bueno uno hace lo que puede para resolver alguna que otra a los demás, así que, no hay de que. Y siguiendo con el tema:
Agrupar es diferente a asociar. Si haces un grupo con las esferas veras que la opción booleana estará desactivada para ese objeto (grupo). No se puede hacer una booleana con un grupo. Asociar es literalmente unir dos o más objetos en una sola entidad (no grupo). Para agrupar una o más esferas, teniendo en cuenta que el menú contextual de la esfera en modificar la esfera no contiene el comando agrupar, lo primero que tienes que hacer es convertir la esfera a malla editable o aplicar un modificador editar malla. (yo haría lo primero).(seleccionas la esfera, botón derecho sobre la pantalla y convertir a malla editable). Una vez que tengas la esfera como malla editable, la seleccione y vas al menú modificar, despliega toda la persiana, selección, selección flexible, y en editar geometría veras claramente que pone asociar, pincha asociar y luego vas eligiendo el resto de las esferas (no importa que éstas sean aún esferas y no mallas editables). Después de esto tendrás un solo objeto malla formado por muchas esferas y solo tendrás que hacer una booleana.
En cuanto a si se notara la junta si lo vas haciendo por tiras, yo diría que si lo unes perfecto, (yo lo haría con la opción Snap, pinchando las se activa), no tiene por qué notarse nada. Luego asocias las piezas y ya está. Al ser cristal, yo diría que esa arista que queda en medio no se va a ver, pero que me corrijan si me equivoco, o que alguien diga como eliminar esas aristas sin que afecte al resto de la geometría. Saludos y suerte.