No entiendo muy bien la forma en que quieres hacerlo.
Lo que puedes hacer es importar el video a Blender y mezclarlo con los efectos de humo o fuego.
O por lo que entiendo quieres exportar los efectos de humo o fuego en un formato de película con el fondo transparente?
Si es eso segundo, sé que se puede hacer con el formato QuickTime y el QT/Animación con el fondo transparente activado.
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O si guardas la secuencia de animación en imágenes, con la extensión (*.png) o TGA con el Alpha activada.
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