Problemas con merge

Buenas, soy nuevo en Blender y tras unos tutoriales he empezado a modelar por mi cuenta, y ahora me ha surgido un problema. He usado Ctrl+M para hacer espejo en un brazo y una oreja de mi personaje y duplicarla en el otro lado, y al pegar los verticse con Merge se queda como cortado.
¿Por qué sucede esto?
Adjunto imagen.

He usado Merge en su oreja izquierda y en el brazo derecho, se aprecian los cortes.

Muchas gracias.

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Yo no utilizo nunca Ctrl+M
Para hacer un Mirror utilizo el modificador MIRROR
En tu imagen por lo que veo, podrían ser caras invertidas o duplicadas.

Selecciona todos los vértices en Edit Mode y presiona Ctrl+N para recalcular las normales de esas caras, a ver si se arregla.

O si fueran vértices repetido presionas W > Remouve Doubles.

Te ira mejor utilizar el modificador. Tienes más opciones como el unir el centro bien y luego puedes ocultarlo para mirar defectos de modelado.

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