No te puedo ayudar mucho, porque no tengo After Effects, pero sé, que hay en el import/export un add-on para After, es el que se puede activar desde, user preferencias > add-on > jsx.
La página de la wiki, donde pone que, sirve para las versiones de CS3 a la cs5.5
[url]http://wiki.blender.org/index.php/extensiones:2.6/py/scripts/import-export/adobe_after_effects[/url].
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Y creo que también se podían exportar videos con el fondo transparente (canal alpha) que luego se podían manipular en After, espero te sirva. Si puedes poner que tipos de archivos puede cargar After, sería de gran ayuda. (he leído algo de collada, pero no sé si es correcto).
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