Si he entendido bien, quieres dar a tu animación un lok de pintura a pincel ¿no? Pues me temo que tú cuestión no tiene una fácil solución, sobre todo si eres nueva con Blender.
Pero vayamos por partes.
Ok, no entendí muy bien esto pero el modelo que tienes, lo tienes con una textura de imagen y uvmapeado.
Vaya como mencioné anteriormente soy nueva en esto.
La respuesta de Solimán ya te pone en la senda a seguir: hacer un desplegado UV de la malla de tu modelo o modelos en Blender, exportar ese UV map para poder pintarlo con cualquier programa de edición de imagen como MyPaint. Luego, de regreso a Blender, asignar esa imagen como textura de color en el material de tu modelo, et voilá, tu modelo tendrá esa apariencia que quieres (aunque seguro que te tocara jugar con la iluminación, pero eso sería otra historia).
Supongamos que mi animación es una ciudad vista desde arriba donde la cámara ira bajando o acercándose hasta entrar por la puerta de una de las casas.
Toda esta ciudad esta modelada en Blender y quizás utilice algunas texturas para ciertas cosas como el piso, las tejas, etc.
Ahora, resulta que yo quiero darle color a esta ciudad, pintarla, pero usando las herramientas de MyPaint.
¿Cómo hago? ¿tengo que renderizar y pintar todas estas fotografías resultantes del renderizado? Es decir, si me salen 240 fotogramas (que serían sólo 10 segundos, en caso de que mi animación esté a 24fps) tengo que pintar cada uno de estos 240 fotogramas?
¿No hay más bien una forma de que yo pinte mi ciudad y que luego se pueda pasar a 3d?
Si has realizado todo el trabajo previo de texturizado de manera correcta, cuando hagas un render de la animación ese trabajo de pintura ya quedaría reflejado en los fotogramas finales, si no es así, efectivamente, la única solución es pintar a mano esos 240 fotogramas (o la mayoría) y con un resultado incierto. De hecho, utilizar el 3d en este tipo de trabajos sirve para ahorrar ese tipo de trabajo manual.
Como ejemplo de un trabajo similar, puedes ver algo que realicé donde combinaba la estética ton 2d en un entorno tridimensional:
http://nosinmipixel.blogspot.com.es/2011/02/BMW-328-mille-miglia-fan-trailer.html saludos, y ánimo con el proyecto.