Tema: Textura con transparencia

Lo más sencillo, sería poner directamente el material con transparencia.

No dices si vas a utilizar Blender Cycles o el Blender Render. Es diferente la forma en los dos.

Y si lo que quieres es convertir un color en transparencia, se puede hacer fácilmente con el Compositor de Nodos.

Un nodo de Matte > Color Key, por ejemplo, te puede servir.