Tema: Recortar animación con After Effects

Hola qmuntada. Claro que se puede, Adobe After Effects es un Photoshop en movimiento, existen las mismas herramientas, tan solo hay que buscarlas. Para responder tu duda te daré dos opciones de hacerlo:
1. Existe la herramienta trazo, que es la misma de Photoshop, la cual recortas algún objeto del video y te genera una capa-máscara con el objeto recortado, claro, eso sí, tienes que hacerlo cuadro por cuadro, o sea que si tu video dura 10 segundos, tendrás que recortar entre 240 a 300 fotogramas, dependiendo de la frecuencia de cuadros que tenga tu video.
2. Esta opción es más sencilla, pero te ocupa más recursos de tu PC. Desde la versión cs5.5 en adelante, Adobe After Effects trae una útil herramienta basada en la antigua técnica de la rotoscopia, llamada roto-brush o pincel de rotoscopia. Con esta herramienta tu seleccione lo que quieres recortar y After Effects hará el proceso en los cuadros siguientes. Te dejaré un tutorial para que aprendas más de esta herramienta.

http://youtu.be/tptoaxy-8sg.
Espero haber respondido tu pregunta, gracias.