Vaya, se me había pasado dar la solución porque es una chorrada. Tenía que crear un proxy del clip. Pone una capa encima del clip de video que he importado y ya permite ponerle los efectos.
Por cierto, Gurb no sé cuál es tu nivel en
After Effects, pero yo soy nulo, pero si tengo una escena en la que cae una pelota al suelo y saca polvo al caer, y quiero renderizar por un lado la pelota y el suelo, y por otro el polvo para después integrarlos juntos cómo se podría hacer¿es algo que se soluciona por capas y mapas alfa o algo así ¿no?
Un saludo.