InKscape: Usa el panel "Capas y Objetos" para organizar tus assets por frames de animación.

Agrupa (Ctrl+G) cada frame de un sprite en una capa distinta. Luego, exporta todas las capas a PNG de una vez usando "Exportar capas como imágenes" en el menú de dicho panel, generando automáticamente todos los frames listos para importar.