Sencillamente, si tienes que sacar algunas caras más para que sigan un loop, sacalas, un loop es una serie de caras que parecen seguir una ruta determinada por la geometría, en modelado orgánico es mucho más evidente.
Tendria que tener delante de todas formas, tu modelo para decirte donde y cómo puedes arreglar ciertas zonas, de otra forma no sé.
Te dejo una aproximación, ya te digo que de esta forma es difícil mirarlo.
También te digo, que hasta dónde se de modelar coches, no tengo mucha idea, que es un error separar los distintos elementos de la carrocería todavía, pues igual podrías necesitar sacar loops de una zona a otra, y verte comprometido. Saludos.