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Hola, me ocurre una cosa muy rara, en los viewports me salen los ejes (rojo-x, verde-y, y azul-z), pero los ejes están en la posición de otro. Por ejemplo, muevo un vértice en el eje que en el viewport aparece como x, pero si le doy al botón derecho encima de la herramienta mover la coordenada que cambia es la del eje Y. Saludos.
Tu problema es común y se debe a que el sistema de coordenadas de transformación no está alineado con el sistema global. Primero, asegúrate de que en la barra de herramientas de transformación el menú desplegable esté configurado en Global y no en Local o Pantalla. Cuando está en Local, los ejes siguen la orientación del objeto seleccionado, lo que causa la confusión que describes.
Si el problema persiste, es probable que la transformación del objeto esté corrupta. Debes congelar o restablecer las transformaciones. Selecciona todos los objetos problemáticos. Ve al panel de utilidades, generalmente representado con un icono de martillo. Haz clic en el botón Más... y busca la herramienta Restablecer XForm (Reset XForm en inglés). Aplícala. Esto alineará los ejes de transformación con los ejes del mundo.
Luego, para asegurar una base limpia, debes restablecer la matriz de transformación. Con el objeto seleccionado, ve al menú Editar y elige Transformación por eje (o usa el cuadro de diálogo Estado de transformación). Busca la opción para Restablecer transformación o Congelar transformación. Esto pondrá las coordenadas de posición, rotación y escala a cero o a uno, respectivamente, sin mover el objeto.
Finalmente, si solo es un problema con un sub-objeto como un vértice, verifica que no tengas activado un Sistema de coordenadas personalizado o un Punto de pivote modificado. En la barra de herramientas de transformación, junto al selector de sistema de coordenadas, hay un botón para Usar punto de pivote del centro. Asegúrate de que esté en Usar punto de pivote del centro para que use el centro del objeto o la selección.