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Hice varias animaciones en 3ds Max avi a 640 por 480 pero al procesar el archivo editado de After Effects no consigo la misma calidad que trae el avi que salió de 3ds Max lo saque con máxima calidad y sin compresión y es demasiado pesado, si bajo la calidad se ve pixelado, no sé que opción de archivo usar o que códec gracias de antemano.
Hay muchos:
Divx, Xvid, h.264.
Te recomiendo que lo saques como (*.mov)/animation, ahí obtendrás un vídeo matriz para poder hacer diferentes compresiones de diferentes necesidades, esta compresión es la recomendada para gran definición, como, por ejemplo, un DVD, luego si es de tu necesidad puedes convertirlo en un (*.mov) h264 para web y sacrificaras muy poca calidad, en lo general el resultado es óptimo y de poco peso.
Como conversor de video te recomiendo el total video converter, es un gran programa y sencillo de usar. Saludos.