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No sé si es que he tocado algo, pero al añadir (no aplicar) el mirror en Blender se pone con un ángulo distinto al que debería estar, nunca me había pasado antes, además, aunque intento que coincida, me cuesta mucho colocar todos los vértices en su sitio (se supone que están alineados) es como si el mirror deformara la mitad que ya está hecha, si alguien sabe el porqué de esto, que me eche una mano, por favor. Gracias.
Eso es porque has modificado el punto de pivote que es la referencia a partir de la cual se hace el mirror (y otras transformaciones), posiblemente haya sido al rotar la malla en modo edición.
Para arreglarlo, pulsa center new en el panel Mesh de f9 (esto coloca el pivote en el centro), rota tu objeto hasta que esté nivelado y pulsa Control + a (esto aplica la rotación y la deja a cero), vuelve a intentar el mirror.
Guau. Gracias Caronte, se ha solucionado, no pensé que fuera tan fácil. Gracias otra vez.