Substraer zona concreta y medida exacta con booleana

Saludos colegas. Tengo un problema que cuanto menos me parece extraño.

Tengo una lanzadera de cohetes chaparral .stl que quiero imprimir y magnetizar colocando en el sistema de misiles un imán para facilitar su rotación.

https://drive.google.com/file/d/1Oxd...ew?usp=sharing(He puesto en drive porque no me deja colocarlo en pasteall, por tamaño).

Cojo el modelo a modificar ver link y en la cara donde quiero situar el imán pongo el origen para situar un cilindro que mediante booleana pretendo substraer de la entidad que representa el lanzamisiles.

Selecciono ese objeto y le aplico el modificador booleano, seleccionando como entidad a substraer el cilindro de 5 milímetros x 2 milímetros, es así para que el hueco sea de 5 milímetros x 1 milímetro y pueda alojar en su interior un imán de la misma dimensión.

Archivo adjunto 239412
Antes de aplicar la booleana.

Archivo adjunto 239413
Error después de aplicar booleana.

Pero lo que ocurre cuando hago dicha operación es que desaparecen elementos como las ojivas de los cohetes.
Es una cosa extraña y no se como solventarla.
Alguno podría explicarme como solucionarlo.
Gracias, Iñigo

-- IMÁGENES ADJUNTAS --
https://foro3d.com/attachment.php?attachmentid=239412
https://foro3d.com/attachment.php?attachmentid=239413