Duda al extruir con valores negativos

Buenas, en varios de los proyectos que vengo haciendo me he encontrado alguna vez con la necesidad de realizar lo inverso a una extrusión, hundir hacia adentro una parte del modelo. Cuando necesito hacerlo en una parte del centro del modelo no hay ningún problema, pero cuando la zona coincide con uno de los rincones el resultado no es el mismo.

Intentaré explicarme mejor con unas capturas de un cubo, en la primera captura tengo un cubo con polígonos marcados que quiero extruír hacia adentro para hacer una ranura. En la segunda captura se observa mi problema, al hacerlo quedan como unas tapas en los extremos de la ranura, que cuando quiero eliminarlas compruebo que no es tan sencillo, ya que el polígono (esta marcado en la tercera captura) es más grande que la zona qué esta tapando.

Por supuesto que ya lo he solucionado conjunto de acciones que requieren desoldar y soldar vértices, pero mi pregunta se apunta más a saber si hay una forma más sencilla de hacer lo mismo. Aclaro que no puedo seleccionar los demás polígonos y extruírlos hacia arriba porque esto es solo un ejemplo, con un objeto más complejo no estaría dentro de las opciones.

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Que interesante, estas cosas me entretienen mucho. Pero bueno, veamos si esto te sirve:
1.- Seleccione las caras que se necesitan extruir negativamente.
2.- Les hice un Detach como clone.
3.- A este nuevo objeto le di grosor, tanto como la profundidad que se necesita dar al objeto principal.
4.- Seleccione el objeto principal y le di Bolean, con pick al segundo objeto, en modo Subtraction (A-B).

Y listo.

Vaya, una cosa importante es, que en los bordes esos, el objeto secundario lo debe sobrepasar. Saludos y espero te sirva.

Buenísimo que te haya resultado interesante David, estuve haciendo algunas pruebas y me resultó mucho más rápido que cualquier otro método de los que se me ocurría. La única duda qué me queda es si con objetos más complejos una vez aplicado el bolean convirtiendo el objeto a editable poly nuevamente puedo continuar modelando normalmente o se crearían algunos edges raros en la malla.

Hola y gracias, sí, he visto que se crean vertex en zonas curvas sobre todo. Saludos.